Les herbiers marins sont composés de plantes à fleurs, appelées phanérogames marines et forment des prairies sous-marines. Ils sont généralement pluri-spécifiques, et accueillent une grande diversité faunistique spécifique à cet écosystème.
Les herbiers marins ont des rôles écologiques clefs : support et habitat permettant d'abriter de nombreuses espèces, nourricerie, zone d’alimentation, zone de sédimentation et de limitation de l'érosion (atténuation de l'hydrodynamisme), zone d’absorption des nutriments, zone de fixation du carbone (stock 15% du carbone océanique), zone de production d’oxygène.
Les herbiers marins apportent également des services écosystémiques aux populations humaines : pêche (poissons, mollusques, crustacés), limite l’érosion des côtes et donc permet la protection des habitations, site de nourrissage pour des espèces emblématiques (tortue, lamantin, dugong).
Dans le sud-ouest de l’Océan indien, 13 espèces ont été recensées (Figure 1). Mayotte compte 9 de ces espèces, avec de nombreux patchs mono ou pluri-spécifiques répartis tout autour de l’île. A La Réunion, une seule espèce de phanérogame est identifiée (Syringodium isoetifolium), formant des petits patchs uniquement sur la côte ouest, proche des récifs coralliens.
Il existe 7 espèces sur les îles Eparses.
Au niveau de l’archipel des Glorieuses, des herbiers profonds mono-spécifiques à Thalassodendron ciliatum s’étendent sur près 20km² au niveau de la terrasse lagonaire (entre 10 et 30m de profondeur). De plus petites prairies d’herbiers mono ou pluri-spécifiques sont observables sur les platiers de la Grande Glorieuse et de l’île du Lys.
A Europa, les herbiers marins sont observables sous forme de petits patches éparses pluri-spécifiques associés à la mangrove. Ils servent de zone d’alimentation pour les nombreuses tortues immatures se réfugiant dans la mangrove.
La présence d’herbier marin à Thalassodendron est avérée sur Bassas da India, néanmoins aucune étude n’a encore été faite sur cet écosystème.
Les herbiers marins permettent l’observation de la tortue verte, Chelonia mydas ainsi que du dugong, Dugong dugong (uniquement présent à Mayotte) (Figure 2).